玉皇上帝

玉皇上帝，通稱玉皇大天尊，簡稱玉皇、玉帝，俗稱天公，宋朝尊稱之為昊天玄穹玉皇上帝。玉皇上帝源自中國自古以來信仰的昊天上帝。

內殿中央供奉至尊玉皇上帝，聖像莊嚴，威儀顯赫；左右廂各為玉皇四殿下與玉皇三公主，三尊均為「軟身金像」。

玉皇四殿下

玉皇四殿下為開基玉皇宮出巡遶境的主神。二樓左龕獨立奉祀的玉皇四殿下前，對聯寫著「殿前不讓妖魔祟，下界難容惡詐逞。」，玉皇四殿下在信仰中扮演避妖保民的角色。另根據《中國方志叢書：台南文化新刊》的記載，昔玉皇太子廟，因太子年少時喜好戲水，海濱漁民也期望祂能保護戲水的兒童。

【農曆五月二日（國曆5月31日）玉皇四殿下聖誕】

開基玉皇宮最先原廟名為「玉皇太子廟」，肇始於三百五十年前先民恭請玉皇四殿下神像及玉皇上帝、玉皇三公主娘香火來到台灣台南，在現玉皇宮所在的尖山祭拜，此一開基四殿下神尊，至今仍供奉於本廟，每年四殿下聖誕前，包括開基四殿下和塑於嘉慶五年（1800）的軟身四殿下、近代雕塑的出巡四殿下、七尊當年雕塑供信眾請回拜拜的四殿下們以及爐主四殿下，都移至正殿玉皇上帝前供信眾拜壽祝禱。

四殿下聖誕前後一週，過去自本廟分靈的玉皇四殿下們都可返廟，安坐正殿兩側「充電」。